elektronn3 package

elektronn3.floatX

alias of float32

Subpackages

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    • elektronn3.data.transforms package
      • Submodules
  • Submodules
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      • PatchCreator
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      • WarpingOOBError
      • get_warped_coord_transform()
      • warp_slice()
    • elektronn3.data.knossos module
    • elektronn3.data.knossos_labels module
    • elektronn3.data.sources module
      • DataSource
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    • elektronn3.data.utils module
      • CleanExit
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      • as_floatX()
      • calculate_class_weights()
      • calculate_means()
      • calculate_nd_slice()
      • calculate_offset()
      • calculate_stds()
      • get_class_counts()
      • get_nonzero_label_ratio()
      • save_to_h5()
      • squash01()
• elektronn3.inference package
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      • Argmax
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      • InferenceModel
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      • FCN16s
      • FCN32s
      • FCN8s
      • FCNs
      • VGGNet
      • make_layers()
      • resize_conv_ala_distill()
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      • MSDNet
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      • Conv3DLayer
      • Extended3DNet
      • N3DNet
      • Simple3DNet
      • StackedConv2Scalar
      • StackedConv2ScalarWithLatentAdd
    • elektronn3.models.tiramisu_2d module
      • Bottleneck
      • DenseBlock
      • DenseLayer
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      • FCDenseNet67()
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• elektronn3.modules package
  • Submodules
    • elektronn3.modules.axial_attention module
      • AxialAttention
      • AxialImageTransformer
      • AxialPositionalEmbedding
      • Deterministic
      • IrreversibleBlock
      • PermuteToFrom
      • ReversibleBlock
      • ReversibleSequence
      • Rezero
      • SelfAttention
      • Sequential
      • calculate_permutations()
      • exists()
      • map_el_ind()
      • sort_and_return_indices()
    • elektronn3.modules.evonorm module
      • EvoNorm
      • group_std()
      • instance_std()
    • elektronn3.modules.l1batchnorm module
      • L1BatchNorm
      • L1GroupNorm
      • l1_group_norm()
    • elektronn3.modules.layers module
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    • elektronn3.modules.loss module
      • ACLoss
      • CombinedLoss
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      • FixMatchSegLoss
      • FocalLoss
      • GAPTripletMarginLoss
      • LovaszLoss
      • MaskedMSELoss
      • MixedCombinedLoss
      • NorpfDiceLoss
      • SoftmaxBCELoss
      • dice_loss()
      • global_average_pooling()
      • norpf_dice_loss()
    • elektronn3.modules.lovasz_losses module
      • StableBCELoss
      • binary_xloss()
      • flatten_binary_scores()
      • flatten_probas()
      • iou()
      • iou_binary()
      • lovasz_grad()
      • lovasz_hinge()
      • lovasz_hinge_flat()
      • lovasz_softmax()
      • lovasz_softmax_flat()
      • mean()
      • xloss()
    • elektronn3.modules.wsconv module
      • FWS
      • WSConv1d
      • WSConv2d
      • WSConv3d
      • WSConvTranspose2d
      • WSConvTranspose3d
• elektronn3.training package
  • Submodules
    • elektronn3.training.handlers module
      • get_cmap()
      • plot_image()
      • write_to_kzip()
    • elektronn3.training.metrics module
      • AMI
      • ARI
      • AUROC
      • Accuracy
      • AveragePrecision
      • DSC
      • Evaluator
      • IoU
      • NMI
      • Precision
      • Recall
      • SilhouetteScore
      • accuracy()
      • auroc()
      • average_precision()
      • bin_accuracy()
      • bin_auroc()
      • bin_average_precision()
      • bin_dice_coefficient()
      • bin_iou()
      • bin_precision()
      • bin_recall()
      • channel_metric()
      • confusion_matrix()
      • dice_coefficient()
      • iou()
      • precision()
      • recall()
    • elektronn3.training.noise2void module
      • Noise2VoidTrainer
      • get_stratified_coords()
      • prepare_sample()
    • elektronn3.training.padam module
      • Padam
    • elektronn3.training.plotting module
      • Scroller
      • add_timeticks()
      • plot_hist()
      • scroll_plot()
      • sma()
    • elektronn3.training.recalibration module
      • NoApplicableLayersException
      • recalibrate_bn()
    • elektronn3.training.swa module
      • SWA
    • elektronn3.training.train_utils module
      • AccumulationArray
      • HistoryTracker
      • Timer
      • create_preview_batch_from_knossos()
      • pretty_string_time()
    • elektronn3.training.trainer module
      • Backup
      • NaNException
      • Trainer
      • findcudatensors()
    • elektronn3.training.trainer_gnn module
    • elektronn3.training.trainer_gnn_batch module
    • elektronn3.training.trainer_gnn_minibatch module
    • elektronn3.training.triplettrainer module
      • TripletTrainer

Submodules

• elektronn3.logger module
  • logger_setup()